Untuk membina mental dan spiritual siswa MTsN Grabag, setiap hari, kecuali hari jumat, diadakan shalat dhuhur berjama'ah yang sebelumnya diawali dengan kegiatan kultum. Kegiatan kultum dan shalat dhuhur berjama'ah dibimbing oleh Kyai Imam Bazari dan Bapak Khoerodin S.Ag. Setelah kultum selesai dilanjutkan shalat dhuhur berjama'ah kemudian diikuti dengan dzikir dan berdo'a bersama.
Kegiatan pembinaan mental dan spiritual juga dilakukan tiap tanggal 19 tiap bulan. kegiatan ini melibatkan seluruh warga madrasah. kagiatan yang berlangsung tiap 19 tersebut berupa kegiatan mujahadah yang diselenggarakan di halaman madrasah.
